Korkeakoulut ovat Helsingille tärkeitä kumppaneita tutkimustoiminnassa, työvoiman saatavuuden edistämisessä sekä innovaatioiden kehittämisessä ja kaupallistamisessa. Kaupungin tavoitteena on vahvistaa korkeakoulujen asemaa ja toimintaedellytyksiä kansainvälisesti kilpailukykyisinä innovaatio- ja osaamiskeskittyminä.
Helsingin yliopiston ja Aalto-yliopiston kumppanuuksissa painotetaan yhteisen kansainvälisen näkyvyyden ja vetovoiman sekä innovaatioiden, tutkimusyhteistyön ja yrittäjyyden edistämistä.
Metropolia Ammattikorkeakoulun ja Metropolian kanssa, joista kaupunki omistaa 42 prosenttia, tehdään tiivistä yhteistyötä etenkin Myllypuron ja Arabian kampusten kehittämisessä.
Hankenin, Taideyliopiston, Maanpuolustuskorkeakoulun sekä Haaga-Helia-, Diakonia- Arcada-, Humak ja Laurea ammattikorkeakoulujen kanssa kaupunki tekee esimerkiksi työharjoittelu-, opetus-, tutkimus-, kehittämis- ja yrittäjyysyhteistyötä.
