Työterveys Helsinki toimii kaupunginhallituksen alaisena liikelaitoksena.

Työterveys Helsinki tuottaa työterveyshuollon palveluita kaupungin toimialoille, liikelaitoksille ja usealle tytäryhtiölle. Kaupunginvaltuusto ja hallitus hyväksyvät työterveyshuollon tavoitteet.

Liikelaitoksen päällikkö on toimitusjohtaja, ja toimintaa ohjaa johtokunta.