Työterveys Helsinki toimii kaupunginhallituksen alaisena liikelaitoksena. Kaupunginvaltuusto ja -hallitus hyväksyvät työterveyshuollon tavoitteet. Liikelaitosta johtaa toimitusjohtaja, ja toimintaa ohjaa johtokunta.
Helsingin kaupungin työterveyspalveluista vastaa noin 120 työterveyden ammattilaisen joukko.
Työterveyshoitajat, -lääkärit, -psykologit, työfysioterapeutit sekä kuntoutussuunnittelijat muodostavat työterveystiimejä, jotka toimivat asiakkaiden kumppaneina. Sairaanhoito painottuu työkykyä haittaavien sairauksien hoitoon. Ajanvarauksessa ja neuvonnassa toimivat vastaanotonhoitajat.
Toimitusjohtaja Marko Karvinen ja ylilääkäri Eevamaija Tuovinen vastaavat Työterveyden kehittämishankkeista ja palvelukonseptin kehittymisestä asiakastarpeiden mukaan. Palveluyksiköitä johtavat Ritva Teerimäki ja Anne-Maj Candolin.