Työterveys Helsinki toimii kaupunginhallituksen alaisena liikelaitoksena. Kaupunginvaltuusto ja -hallitus hyväksyvät työterveyshuollon tavoitteet. Liikelaitosta johtaa toimitusjohtaja, ja toimintaa ohjaa johtokunta.
Helsingin kaupungin työterveyspalveluista vastaa noin 120 työterveyden ammattilaisen joukko.
Työterveyshoitajat, -lääkärit, -psykologit, työfysioterapeutit sekä kuntoutussuunnittelijat muodostavat työterveystiimejä, jotka toimivat asiakkaiden kumppaneina. Sairaanhoito painottuu työkykyä haittaavien sairauksien hoitoon. Ajanvarauksessa ja neuvonnassa toimivat vastaanotonhoitajat.
Työterveys Helsingin toimitusjohtajana toimii Marko Karvinen ja ylilääkärinä Eevamaija Tuovinen.