Pilaantuneen maaperän kunnostusalueilla saattaa tulla tarve kaivantovesien pumppaamiseen kaivantojen kuivana pitämiseksi. Vesien johtamista käsitellään etukäteen ympäristöviranomaisen lupapäätöksessä tai tarkastuspöytäkirjassa. Ympäristökeskukselle on yleensä esitettävä tarkastettavaksi asiantuntijan laatima näytteenotto- ja vedenkäsittelysuunnitelma ennen veden pumppaamista. Työstä tehtävässä loppuraportissa on esitettävä yhteenveto vesien käsittelystä.

Sopivan käsittelytavan valintaa varten on selvitettävä johdettavan veden haitta-ainepitoisuudet. Lähtökohtana on, että kaivantovedestä on analysoitava niiden haitta-aineiden pitoisuudet, joita kaivettavassa maa-aineksessa on havaittu. Haitta-ainepitoisia vesiä voi olla tarpeen käsitellä esimerkiksi öljyn- ja/tai hiekanerottimella tai suodattamalla.

Kaivantoveden johtaminen viemäriin on tavallisin käsittelymuoto. HSY:n jätevedenpuhdistusosasto asettaa raja-arvot veden haitta-aine- ja kiintoainespitoisuudelle sekä tarkkailuvelvoitteen johtamisen ajaksi. HSY:n jätevedenpuhdistusosaston lupa tulee esittää ympäristökeskukselle ennen veden johtamista. Veden johtamisen aloittamisesta ja lopettamisesta tulee ilmoittaa ympäristökeskukselle ja HSY:lle. 

Haitta-ainepitoiset vedet voidaan myös puhdistaa paikan päällä esim. aktiivihiilisuodattimella tai kuljettaa säiliöautolla luvanvaraiseen vastaanottopaikkaan.

Jos ympäristöolosuhteet sallivat ja johtamiseen saadaan maanomistajan/maanomistajien lupa, kaivantovesiä voidaan tapauskohtaisen ympäristöviranomaisen harkinnan mukaan johtaa myös maastoon tai sadevesiviemäriin. Tällöin vesi imeytyy maaperään tai päätyy vesistöön. Veden johtaminen ei saa aiheuttaa maaperän, pohjaveden tai vesistön pilaantumista. Veden haitta-ainepitoisuuksille ja haitta-aineiden kokonaismäärille asetetaan tapauskohtaiset perustellut raja-arvot. Ehdotus käytettäviksi raja-arvoiksi esitetään käsittelysuunnitelmassa. Johtamiskohdan maaperän haitta-ainepitoisuudet tulee tarvittaessa analysoida ennen veden johtamista ja sen jälkeen.