Helsingin kaupunginmuseon tehtävänä on johtokunnan alaisena huolehtia kaupungin museotoimen kehittämisestä ja sen palvelujen tuottamisesta sekä maakuntamuseon tehtävistä. Kaupunginvaltuusto valitsee museon johtokunnan tehtäväänsä vaalikaudeksi, eli neljäksi vuodeksi. Nykyisen johtokunnan toimikausi on 2013–2016.