Liikuntavirastoa johtaa liikuntajohtaja Anssi Rauramo. Liikuntajohtajan alaisuudessa virastossa toimii viisi osastoa: liikuntalaitososasto, ulkoliikuntaosasto, merellinen osasto, liikunnanohjausosasto ja hallinto-osasto. Lisäksi suoraan liikuntajohtajan alaisuudessa on kehittämisyksikkö. Liikuntavirastossa on yli 400 vakinaista työntekijää. Vuosittain viraston palveluksessa on myös noin 100-200 määräaikaista kausityöntekijää.

Liikuntavirasto on osa Helsingin kaupungin liikuntatointa, jota johtaa liikuntalautakunta. Liikuntatoimi kuuluu apulaiskaupunginjohtaja Ritva Viljasen johtamaan sivistys- ja henkilöstötoimen toimialaan. Liikuntatoimen talousarvion käyttötalouden määrärahat ovat noin 77 miljoonaa euroa. Lisäksi liikuntapaikkarakentamisen määrärahoja on noin 15 miljoonaa euroa ja irtaimen omaisuuden hankintaan noin 1 miljoonaa euroa.