Liikuntavirasto vuokraa kolmasosan noin 11 000 venepaikasta suoraan helsinkiläisille veneilijöille. Loput paikat on vuokrattu paikallisille venekerhoille ja pursiseuroille, joilta löytyy myös vierasvenepaikkoja. Venesatamia kaupungissa on kymmeniä.

Liikuntavirasto hallinnoi upeita saaristoalueita ja merellisiä ulkoilupuistoja aivan kaupungin tuntumassa ja lähialueilla. Nämä alueet ovat kaikkien käytössä joko vapaasti tai vuokraten. Alueen vesiliikenne jakautuu reittiliikenteeseen ja kiertoajeluihin, joista vastaavat yksityiset liikennöitsijät.

Liikuntavirasto huolehtii myös kalavesien hoidosta. Kaupunki omistaa 18 000 hehtaarin suuruisen merialueen kaupungin läheisyydessä ja lähikunnissa. Tällä alueella helsinkiläiset voivat kalastaa lunastettuaan kalastusluvan. Helsingin merialueella on tavattu noin 60 kalalajia, muun muassa meritaimenta, kuhaa ja siikaa. Lohi nousee kaupungin keskelle laskevaan Vantaanjokeen.