Helsingin kaupunki omistaa noin 14 600 hehtaarin suuruisen vesialueen merialueella kaupungin välittömässä läheisyydessä. Kaupungin hallinnollisten rajojen ulkopuolella Helsinki omistaa merialueita Sipoossa (Kaunissaaren, Eestiluodon, Talosaaren ja Skogsholmenin ympäristössä), Kirkkonummella (Lähteelä), Inkoossa (Elisaari) ja Hangossa (Bengtsår). Lisäksi kaupunki on osakkaana Länsi-Onaksen (Porvoo), Kaunissaaren (Sipoo), Elisaari-Kämpen (Inkoo) ja Prästön (Hanko) osakaskunnissa.

Sisävesialueella kaupunki omistaa pienvesistöjä Pirttimäen ja Karjakaivon ulkoilualueilla Espoossa sekä Helsingin kaupungin hallinnollisten rajojen sisäpuolella olevat Vantaanjoen vesialueet. Osuuksia yhteisvesialueisiin Helsingillä on Luukkaan (Espoo), Salmen (Vihti) ja Vaakkoin (Vihti) ulkoilualueisiin liittyvien vesien kalastuskunnissa.