Helsinki fut fondée, en 1550, par l’ordonnance royale de Gustave Vasa, roi de Suède, à l’embouchure de la rivière Vantaa, près de chutes d’eau appelées Helsinki.

Pour peupler cette nouvelle ville, le roi ordonna l’emménagement à Helsinki des commerçants et artisans des petites villes de la côte ouest, Rauma et Ulvila, ainsi que de celles de la côte sud, Tammisaari et Porvoo.

La création de la nouvelle ville avait comme objectif de concurrencer, dans le commerce avec la Russie, la florissante ville hanséatique, Tallinn, située en face, de l’autre côté du Golf de Finlande. Mais Tallinn devint peu de temps après aussi «suédoise», ce qui eut longtemps un impact négatif sur le développement d’Helsinki. Dans l’espoir qu’un port meilleur, directement sur la mer, faciliterait la croissance et la prospérité de la ville, Helsinki fut déplacée sur la presqu’île portant ce nom, plus précisément à l’endroit où se situe actuellement le quartier de Kruunuhaka.

Pendant les deux premiers siècles, Helsinki ne fut qu’une modeste bourgade. Mais elle vit son rôle grandir quand la Suède perdit en 1748 un vaste territoire au sud-est du royaume (notamment la Carélie) au profit de la Russie et décida de construire (avec une importante contribution financière du roi de France Louis XV) une forteresse pour protéger les provinces orientales du royaume. La forteresse maritime Svéaborg (en finnois Suomenlinna) fut une des plus grandes en Europe. Certains l’ont même appelée la Gibraltar du Nord. Aujourd’hui la forteresse est inscrite sur la liste du patrimoine mondial de l’UNESCO.

En 1809, la Finlande fut annexée à la Russie, dans les tourmentes européennes appelées plus généralement les guerres napoléoniennes. Cette ancienne province suédoise obtint le statut de Grand Duché. Trois ans plus tard, Helsinki devint sa capitale. De cette époque témoigne notamment le Centre historique, autour de la Cathédrale, construit entièrement en style néoclassique.

A la fin du 19ème siècle, Helsinki se développa rapidement, dépassant le seuil de 100.000 habitants, et elle se transforma en une ville européenne moderne.

La Finlande déclara en 1917 son indépendance et eut tout naturellement Helsinki pour capitale.

Pendant la deuxième guerre mondiale, Helsinki fut à plusieurs reprises la cible de bombardements massifs des forces aériennes soviétiques. La ville en est cependant sortie avec peu de dégâts, notamment grâce à sa défense aérienne efficace. Ainsi, en février 1944, des 15.000 bombes larguées par 1500 bombardiers, 5% seulement ont atteint leur but. Une centaine d’immeubles furent détruits et 150 habitants tués. En 1944, Helsinki comptait 275.000 habitants.

Les années de guerre et les déplacements de population - la Finlande fut en guerre avec l’Union Soviétique à deux reprises : en 1939-1940 (la guerre d’hiver) et de 1941 à 1944 (la guerre de continuation)  -  ont contraint les petites communes voisines, auparavant hostiles au rapprochement avec Helsinki, à accepter un projet d’élargissement important de la capitale. En 1946 lui sont annexées les communes de Haaga, de Huopalahti, de Kulosaari, de Oulunkylä et d'importantes parties de la commune appelée à l’époque le Faubourg d’Helsinki (cette commune devint plus tard la Ville de Vantaa). Helsinki s’est ainsi accrue de plus 51.000 habitants et son territoire a quintuplé.

Vuosaari fut annexée à Helsinki en 1966, notamment avec l’intention  d’y construire un nouveau port. Ce projet fut cependant ajourné pendant des décennies et le nouveau port d’Helsinki ne fut inauguré qu’en 2008. Le 1er janvier 2009, Helsinki s’est encore étendue avec l’annexion, à l’est, de parties des communes de Sipoo et de Vantaa.

Les années d’après-guerre connurent un fort développement immobilier. La capitale et ses environs commencèrent à se transformer en région-métropole. Helsinki a atteint le seuil de 500.000 habitants en 1965, mais les quartiers de plus forte croissance se situaient dorénavant loin du centre-ville et souvent en dehors des frontières administratives d’Helsinki.

Les années 70 et 90 furent de nouveau des périodes de construction massive. Des quartiers neufs ont vu le jour, jouxtant des quartiers déjà existants et accessibles par les trains de banlieue. Les quartiers de construction dense de Tapanila, Malmi, Puistola et quelques quartiers de l’est d’Helsinki datent de cette époque.

Un nouveau moyen de transports publics fut introduit en 1982. Le projet de construction d’une voie rapide sur rails, partiellement souterraine, fut étudié dès la fin des années 40. Sur le modèle de Paris et de Saint Pétersbourg, ce nouveau moyen de transport fut nommé le métro. Il est aujourd'hui devenu une partie incontournable du réseau des transports urbains d’Helsinki.

Pendant les deux dernières décennies, la structure démographique d’Helsinki a beaucoup évolué. Dans les années 70 encore, le centre-ville abritait principalement des personnes âgées ; les jeunes et les familles avec enfants préféraient la banlieue.

Dans les années 90, toute la région d’Helsinki a connu un flux important de migration interne. La population des anciennes banlieues avait pris de l’âge et souhaitait emménager en centre-ville. Les plus jeunes s’installaient dans les nouvelles agglomérations «branchées » de la banlieue.

Le prix d’acquisition et les loyers des petits appartements du centre-ville ont commencé à augmenter rapidement pendant la période de forte croissance des années 80 et de nouveau après la récession, dans la deuxième moitié des années 90. Après une petite baisse due à la récession en 2009, les prix ont de nouveau recommencé à augmenter, ce qui témoigne notamment de l'importance de la demande.

Helsinki a quasiment toujours été une ville qui attire des jeunes, des étudiants et des personnes qui veulent y travailler. Mais, à la différence des années d’après-guerre, ces personnes y ont le plus souvent emménagé seules ; dans les années 90, les ménages helsinkiens étaient constitués en majorité d’une seule personne.

Dès cette époque, Helsinki s’est donné un aspect plus international. La Ville a accordé beaucoup d’importance à son image, au bien-être quotidien de ses habitants, au standing du logement et à la logistique. La culture est devenue un élément  primordial de la stratégie de la Ville. De son succès témoigne l’élection d’Helsinki en tant que capitale culturelle européenne pour 2000 et capitale mondiale du design pour 2012.

Durant la dernière décennie, Helsinki a également mis accent sur l’aspect maritime de la ville et sur le développement des espaces verts. Des rues du centre-ville ont été transformées en rues piétonnes, de nouveaux quartiers ont été construits dans l'espace libéré des anciens ports et des anciennes zones industrielles.